Никита

Аманда вживляет Никите жучок и обещает убить Майкла при любой попытке предупредить его или рассказать о нем кому-то из команды. Биркофф и Майкл замечают странное поведение Никиты и после ее отъезда догадываются о прослушке. Биркофф ненадолго взламывает подслушивающее устройство для того, чтобы Никита сообщила Майклу о терзающей ее дилемме. Алекс и Майкл отправляются на поиски единственного оставшегося в живых ученого, который может приготовить противоядие, однако Цех успевает расправиться с ним. Майкл врет Никите о том, что сыворотка у него. Никита предупреждает Спенсер о надвигающейся опасности, однако президент совершает самоубийство прямо у нее на глазах. Оказывается главной целью Аманды было лишь обвинить Никиту. Для того, чтобы спасти Майкла, Алекс и Соня решают погрузить его в состояние клинической смерти, дабы таким образом уничтожить нано-клетки. Узнав, что Никита бежала, Аманда приказывает ликвидировать Майкла, однако нано-клетки не срабатывают и она отправляет оставшихся бойцов «Грязной Тридцатки» зачистить Отдел. После того как Майкл приходит в себя, команда покидает Отдел и взрывает его.

Получив контроль над секретной спутниковой системой Цеха, команда узнает о готовящемся покушении на Мириам Хасан – правозащитницу, борющуюся с торговлей людьми. Во время пресс-конференции ее легко ранит Смит, киллер Цеха, которого затем убивает Никита. С помощью телефона Смита команда выходит на лабораторию Цеха в Мичигане. Там Майкл и Никита захватывают ученого, разрабатывающего модифицированный чип-убийцу - нано-клетки, способные разорвать любой кровеносный сосуд жертвы. Команда вовремя осознает, что Мириам была инфицирована, и Алекс с Майклом успевают ее спасти, используя единственную дозу противоядия. Никита выслеживает Аманду и узнает, что почти вся миссия была отвлекающим маневром, так как Майкл уже давно заражен через протез. И поскольку вся вакцина была использована, Аманда предлагает Никите последнее задание: взамен на порцию противоядия ей нужно убить президента Спенсер.

Благодаря наводке Сайруса команда узнает, что Оуэн хочет продать Черный Ящик на саммите G-20 в Торонто. Вскоре после того как Алекс, Майкл и Никита отправляются на миссию, в Отделе появляется отряд морских пехотинцев, направленный для зачистки. Президент Спенсер обещает команде свободу, при условии успешно возвращенного Черного Ящика. Однако операция срывается и Спенсер отдает приказ покончить с Отделом. Пока Биркофф, Сайрус, Соня и Райан прячутся от пехотинцев, Никита и Майкл, при негласной помощи руководствующегося собственной выгодой Оуэна, уничтожают Черный Ящик и отправляют Спенсер доказательство. Президент сдерживает обещание и отзывает пехотинцев, однако празднование успешного завершения миссии прерывает новость о сотрудничестве Аманды с Цехом.

Восстановившись после ранения Райан возвращается в Отдел и узнает, что из 300 агентов осталось лишь 14. Дабы избежать потенциальной зачистки, санкционированной президентом, он решает подстроить взрыв Отдела. В это же время Алекс вымещает свое зло на местной банде наркоторговцев. Никита и Майкл помогают ей выпустить пар и убеждают вернуться с ними в Отдел. После того как Райан отпускает оставшихя агентов, Никита убеждает его придержать план по уничтожению Отдела до того момента, пока они не остановят Аманду и не найдут Черный Ящик.

Подвергаясь ужасающему процессу психологической обработки со стороны Аманды, Никита отправляется в страшное путешествие сквозь её воспоминания. В процессе она узнает самый страшный и глубоко спрятанный секрет Аманды.

Алекс рассказывает Биркоффу о своем желании покинуть Отдел. Аманда предоставляет Оуэну то, что он никогда не был в состоянии найти – воспоминания о его реальном прошлом.

Никита и Майкл узнают о новом протезе руки, который помог бы Майклу стать прежним, но цена протеза невероятна высока. Между тем, перед Алекс и Шоном поставлена задача провести расследование внутри отдела и выяснить, кто стоит за мятежом, который закончился кровопролитием.

Аманда берет Алекс в заложницы и говорит Никите, что освободит Алекс в обмен на Ари. Майкл поручает Никите и Шону разобраться с обменом заключенными, но в последнюю минуту Райан добавляет к команде Оуэна, что вызывает у Майкла подозрения. В то же время, находясь в заточении, Алекс оказывает поддержку еще одной заложнице по имени Лариса и клянется освободить их обеих из тюрьмы, но в итоге ее обещание вступит в противоречии с планом Никиты по освобождению и вынудит Алекс выбирать между Никитой и обещанием Ларисе.

Чтобы получить контроль над черным ящиком, Аманда планирует похитить сына Ари - Стефана, и использовать его, шантажируя отца. Все еще находясь в заключении у Отдела, Ари умоляет Никиту о помощи. Однако, телохранителю Стефана, по имени Крейг, удается захватить Никиту и Аманду, поэтому женщины вынуждены действовать сообща, чтобы сбежать. В это время Оуэн разъярен тем, что Майкл назначил Алекс на замену Никите вместо него.

После того, как Биркофф получает подсказку от шпионской программы, что Ари находится в Нью-Йорке, Никита и Оуэн захватывают его прежде, чем это успевает сделать ФБР. Однако, Ари признает, что запланировал все это ради шанса увидеться с Никитой. Он говорит ей, что Аманда зашла слишком далеко и сотрудничает с террористом, который планирует нападение на американскую территорию. Ари хочет пятьдесят миллионов долларов за информацию, которая поможет привести к захвату террориста. Никита и Майкл ошеломлены, когда Райан решает заплатить требуемую сумму. Тем временем Шон ревнует Алекс к Оуэну.

Агент ЦРУ по имени Наоми сталкивается с файлом, детализирующим причастность Мэдлин Пирс к Отделу, и передает файл директору ЦРУ, Моргану Кендрику. Когда, вскоре после этого, Кендрика убивают, Аманда активирует Шона для убийства, и ЦРУ арестовывает его. Никита обещает Алекс, что они освободят Шона и придумывает план, который может либо спасти его, либо стоить ему жизни.

Майкл решает оставить место полевого агента и вновь принимает должность управляющего операциями Отдела. После изучения ключевой информации от Биркоффа, Никита готовит секретную миссию, которая заводит ее на опасную территорию. Когда Майкл, Алекс и Райан узнают об этом, они следуют за ней в Косово, но результат имеет далеко идущие последствия для Отдела.

Рэй, агент отступник, похищает свою подругу Кейт, поэтому Райан посылает команду, чтобы спасти ее. Никита удивляется, когда Майкл дает ей в напарники Оуэна, вместо того, чтобы идти самому. Тем временем Шон принимает решение касающееся Алекс.

Биркофф сообщает Никите, что Соня является шпионкой Аманды. Аманда не только активировала убийственный чип Сони, она также послала в Отдел второго шпиона, чтобы следить за Соней. Никита, Майкл и Райан разрабатывают план, чтобы при помощи Сони узнать, где скрывается Аманда. А Биркофф устраивает ловушку для второго шпиона. Тем временем, Майкл старается помочь Алекс избавиться о наркозависимости, и она умоляет его не рассказывать об этом Никите.

Никита и Майкл захватывают Сайруса, торговца оружием, который закупает различные оружейные устройства для Ари. Никита убеждает Райана позволить им использовать Сайруса в качестве приманки, чтобы захватить Аманду, но Сайрусу удается избежать ловушки. Однако, когда Аманда дважды обманывает Сайруса, его единственной надеждой на выживание становится Никита. Тем временем Биркофф идет по горячим следам шпиона Аманды и Алекс начинает распутывать клубок лжи.

Отдел обнаруживает одного из своих агентов-изгоев - Маркова, который работал под прикрытием в течение шести лет, был избран Президентом Республики Узбекистан и планирует убить президента Соединенных Штатов Америки. Райан признается команде, что они ходят по тонкому льду, так как президент пригрозила, что она уничтожит Отдел, если общественность узнает о секретном агентстве и агентах отступниках. Никита и Майкл приходят в ярость из-за того, что Райан держал эту информацию в тайне от них. Теперь они должны придумать, как спасти жизнь президента, не сообщая ей об опасности. Между тем, Алекс и Оуэн продолжают расследование и верят, что взрыв устроил кто-то из своих.

Аманда посылает бывшего агента Отдела - Энн похитить Оуэна из российской тюрьмы, но Оуэну удается избежать захвата и он отправляет сообщение Никите, что он свободен. Никита разыскивает его и делится последними новостями. Оуэн потрясен тем, что Никита теперь работает на Отдел, но все же возвращается с ней на базу. Майкл и Райан не уверены, что они могут доверять Оуэну, но Никита поддерживает друга.

Когда Райан рассказывает Никите, что их тайный агент была арестована, и они должны вытащить ее из тюрьмы, Никита начинает задавать вопросы о том, почему Отдел продолжает выполнять старые миссии Перси. Никита, Майкл и Шон пытаются остановить террористическую атаку, но один человек совершенно не в себе, после того, как в Алекс стреляли. Между тем, Биркофф и Соня продолжают препираться.

Никита, Майкл и команда спасает молодую девушку по имени Лиза, которая была пленницей бывшего агента Отдела – Уэйда. Уэйд промыл мозги Лизе и обучил ее, чтобы сделать агентом Отдела и помочь ему в его собственной личной миссии. Никита отчаянно пытается достучаться до Лизы, но в момент всеобщего хаоса, девушка сбегает из Отдела. Команда стремиться найти ее прежде, чем она сможет закончить свою миссию и взорвать очень важную цель. Тем временем похищение Лизы вызывает болезненные воспоминания у Алекс.

Новое подразделение. Новое лидерство - Райан берет на себя руководство Отделом и Никита - поддерживает его. Их первая миссия при новом режиме - обнаружить «Грязную тридцатку» - агентов-изгоев, которые не ответили на вызов Отдела после того, как был убит Перси. Их первая миссия идет не по плану: Майкла арестовывают, что вынуждает Никиту сменить стратегию, чтобы придумать план спасения для него. Алекс изображает ее альтер-эго (испорченную российскую княжну Александру Удинову), очень необычным способом, так как это часть плана Майкла. Тем временем Биркофф изо всех сил пытается поддерживать деловые отношения с Соней, несмотря на то, что его все сильнее влечет к ней.